Der Vorsitzende des Ausschusses für Bürgerliche Freiheiten, Justiz und Inneres (LIBE) im Europaparlament, Juan Fernando López Aguilar, hat die komplexe Organisation der neuen EU-Kommission unter Kommissionspräsidentin Ursula von der Leyen kritisiert. Die Struktur der Kommission mit Exekutiv-Vizepräsidenten, Vizepräsidenten und Kommissaren solle wohl bewusst „Probleme der parlamentarischen Kontrolle schaffen“, zitiert das Internetportal Euractiv.de López Aguilar. Sie sei „nicht unschuldig“.
Laut dem spanischen Europaabgeordneten erschwert die Komplexität der Kommission dem Parlament, die Kommissare zur Rechenschaft zu ziehen, da es schwieriger ist, zu erkennen, wer für was verantwortlich ist. Darüber hinaus könnte die unübersichtliche Struktur auch zu einem Kompetenzkonflikt zwischen des Ausschüssen führen.