In den Städten Rostock und Schwerin (Mecklenburg-Vorpommern) sorgen zwei Moscheebauprojekte für Streit. In Rostock hat die Stadt dem „Islamischen Bund Rostock“ ein attraktives Grundstück am Holbeinplatz angeboten. Laut einem Bericht der Ostsee-Zeitung laufen die Anwohner gegen die Pläne Sturm. Sie befürchteten Nebenwirkungen wie erhöhten Verkehr, Parkplatznot oder Lautstärke im dichtbebauten Hansaviertel, in dem sich bereits viele öffentliche Einrichtungen wie Arbeitsamt, Uniklinik und Ostseestadion (und künftig auch das Nato-Hauptquartier der Marine) befinden.
Viele der aufgebrachten Bürger haben laut Ostsee-Zeitung bekräftigt, dass es ihnen nicht darum gehe, Muslime am Ausleben ihres Glaubens zu hindern. Dabei gibt es durchaus Gründe, den „Islamischen Bund Rostock“ kritisch zu sehen. Im Jahr 2017 teilte das Innenministerium von Mecklenburg-Vorpommern mit, dass die Organisation vom Landesverfassungsschutz beobachtet wird. Aus der Antwort der Landesregierung auf eine Kleine Anfrage der AfD-Fraktion geht außerdem hervor, dass der „Islamische Bund Rostock“ mehrmals versuchte, bei der „Islamischen Weltliga“ Unterstützung für die Finanzierung eines Moscheeneubaus zu bekommen. Die „Islamische Weltliga“ gilt als Instrument der saudi-arabischen Außenpolitik und verbreitet die wahhabitische Ideologie. Der Wahhabismus ist die offizielle Form des Islams in Saudi-Arabien und stellt eine einflussreiche Strömung innerhalb des Salafismus dar.
Nach Angaben der Ostsee-Zeitung ruht das Bauvorhaben in Rostock derzeit, da dem „Islamischen Bund Rostock“ das Geld fehle. In Schwerin will derweil ein Verein namens „Islamischer Bund in Schwerin“ in einer ehemaligen Kaufhalle eine Moschee und ein islamisches Kulturzentrum einrichten. Auch diese Organisation ist umstritten. In einem offenen Brief bittet der Ehrenvorsitzende des FDP-Kreisverbandes Schwerin, Walter Kelle, die Stadtvertreter, ihre Unterstützung für das Projekt zu überdenken. Bei einer Diskussionsrunde mit dem Vereinsvorsitzenden Mohammed Adib K. im Mai 2016 habe Kelle den Eindruck gewonnen, dass jener sich nicht zur Gleichberechtigung von Mann und Frau und der Trennung von Politik und Religion bekenne. Es bestünden erhebliche Zweifel an der Grundgesetztreue des Vereins.